Sì, hai sempre facoltà di lasciare una supplenza attribuita da GI per nomina da GE, come scritto nel D.M. 13 giugno 2007 (ancora in vigore), articolo 8, comma 3:
http://archivio.pubblica.istruzione.it/normativa/2007/dm130607.shtml
"3.Il personale in servizio per supplenza conferita sulla base delle graduatorie di istituto ha comunque facoltà di lasciare tale supplenza per accettarne altra attribuita sulla base delle graduatorie ad esaurimento."
Tra l'altro, se sei stata nominata dalle graduatorie di istituto del vecchio biennio, puoi rifiutare anche per altra chiamata dalle nuove GI vedi nota 7138 del 13 settembre
http://www.istruzione.it/web/istruzione/prot7138_11